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以下の内容は２０００年当時の建築基準法の規定が記載されており、現在の規定と異なります。

１　指定確認検査機関と指定権者の関係（建築基準法第７７条の３０）

指定確認検査機関の業務の公正性を確保することを目的として、建築基準法第７７条の３０により、国土交通大臣や都道府県知事など指定確認検査機関の指定権者は、指定確認検査機関に対して確認検査の業務に関し監督上必要な命令や、指定の取り消し等をする事ができることとなっている。

２　指定確認検査機関と特定行政庁、建築主事の関係

・指定確認検査機関→特定行政庁

指定確認検査機関が確認検査業務を実施する際に、行政が持っている情報、例えば道路の状況に関する情報などが必要になった場合には、特定行政庁に対して照会することができる。

指定確認検査機関が確認済証、検査済証、中間検査合格証を交付したときは、交付の日から７日以内に、施工規則に規定する報告書及び書類によって、特定行政庁にその旨を報告する。

・指定確認検査機関→建築主事

指定確認検査機関が中間検査や完了検査を引き受けた場合、その旨を建築主事に通知することとされている。また、この通知は、引き受けを行った日から７日以内で、かつ、当該工事（中間検査については特定工程の工事）が完了した日から４日以内に行うこととされている。

・特定行政庁→指定確認検査機関

指定確認検査機関が行う個々の確認検査の適法性を確保するため、特定行政庁は、所管区域内で指定確認検査機関が行った確認検査の内容に疑義が生じた場合には、指定確認検査機関に対し必要な措置をとるよう指示するとができる。

特定行政庁が指定確認検査機関から確認済の報告を受けた後、周辺の住民の指摘などを契機に、その建築物が建築基準関係規定に違反してることが明らかになった場合に、その確認済証の効力を失効させることができる。

特定行政庁が指定確認検査機関の行った確認を取り消す場合には、指定確認検査機関から建築基準法第１２条第３項などに基づいて種々の報告を求め、適合性について判断する。その結果、適合しないと判断した場合には、その旨を建築主と指定確認検査機関に通知し、この通知をもってその確認済証は効力を失う。また、これらの規定のほかに、地方公共団体の指定確認検査機関に対する配慮として、確認検査の業務を的確に実施するために必要な情報の提供を行うことが建築基準法第７７条の３３に規定されている。
（早わかり新建築基準法引用）
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